Lösen lässt sich dieses Problem indem man mit der Mirror Funktion(Spiegelung) von Robocopy besagten Ordner mit einem anderen leeren Ordner synchronisiert.
Robocopy:
Mit Robocopy werden wir die Mirror Funktion (Spiegelung) nutzen, und einen leeren Ordner mit dem von uns gewünscht zu löschenden Ordner synchronisieren.
Befehl: robocopy C:\Temp\leer „C:\überlange Ordnerstruktur XYZ“ /MIR
Ergebnis: Ordner ist leer und kann gelöscht werden